まず法務局で取引対象となる物件の調査をします。登記簿を取得し、売買対象物件と現状が違っていないか、売買物件に漏れはないか、対象物件に他人の権利がついていないか、建物の接道を確保しているか等の確認をします。例えば、100平方メートルの土地を買ったつもりだったのに実際登記簿上は70平方メートルしかなかったり、前面道路やゴミステーションに所有権持分があったのに知らなかったため所有権の移転を受けていなかったり、購入した物件がすでに他の人から差押えされていた等、事前の調査を怠ると思いもよらない問題が発生してしまいます。
対象となる物件の事前調査をして、物件の面積、境界等を土地家屋調査士による確定測量を行い、権利関係は差押えや抵当権などがついている場合は担保抹消登記を申請する等、買主が負担のない完全な所有権を取得できる手続を進める必要があります。

司法書士の主な業務の一つとして、不動産登記の申請代理が挙げられます。不動産登記は不動産の権利関係を公示する大変重要なものですので、その記載は真正なものでなければなりません。このことから、申請手続きには高度な専門知識が要求され、一般の方が自らその手続きを行うことは大きな負担となりますので、司法書士が代理人となり登記申請を行うことで登記の真正を確保し、安全かつ迅速な不動産取引を実現させる働きをしています。

不動産取引の決済とは、売主・買主・仲介業者・金融機関など、その取引に関与する人達が集まり必要書面の確認、書面等の受け渡し、代金の授受をすることをいいます。決済では、司法書士が「人」・「物」・「意志」を確認し、資金実行の宣言を行うことではじめて代金が支払われます。
ではなぜ司法書士の資金実行の宣言によって決済が行われるのでしょう。通常、不動産の売買契約書には代金の支払いと同時に所有権が移転すると特約が定められています。しかし、売主、買主の双方が「代金の支払いが先だ」「所有権移転登記が先だ」と言い出したら円滑な不動産取引は到底できません。そこで司法書士が当事者の双方代理をし、当事者の意思確認の上、権利書などの登記必要書類を責任をもって預かり、売買代金の支払いを確認した上で、確実に所有権移転登記申請をすることにより不動産取引を円滑に進めるため、取引の現場に立ち会っているのです。

不動産取引において最も重要なことの一つとして、「人」の確認があります。登記簿上の所有者と売買契約を締結した売主が同一人物であるとの確認を怠れば、所有者になりすました者が不動産を勝手に売って、所有者の知らないうちに所有権移転登記がなされてしまうという事態に陥ってしまいます。そのような不正な登記のないように、司法書士はその職責において、当事者より本人確認資料の提示を受け、諸般の情報を総合的に判断し、当事者に間違いないかを確認しています。

不動産取引において、当事者の意思確認は大変重要です。単に「売る意思がある」「買う意思がある」といった確認では十分でなく、当事者が契約内容について誤解をしていないか、取引の始めから終わりまで一貫して意思の翻ることはないか等、その確認は慎重を要します。意思がない、あるいは意思に錯誤があるとき、契約は「無効」となり、当然登記申請もすることはできません。そこで、司法書士が登記申請前に当事者に必ず直接意思確認することで、真正な登記を確保しています。

数名が共同で不動産を購入する場合、登記簿に各共有者の持分割合を記載する必要があります。この割合は売買代金の出資の割合で決定するのが原則です。
例えば、売価3,000万円の不動産を2名で買い、Aが1,000万円、Bが2,000万円負担したとすると、Aの持分は「1/3」、Bの持分は「2/3」となります。
この持分割合と出資の割合とが大幅に異なると、異なる部分について贈与があったとみなされ、贈与税が課税される場合がありますので注意が必要です。

土地はそれぞれ地番ごとに一筆と数えます。一筆の土地の一部を売却することは可能ですが、一筆の土地の一部について、登記をすることはできません。なぜなら一筆の土地のどの部分を売却するか明示しなければならないからです。この場合は、一筆の土地のうち売却する部分を分ける分筆登記を事前に行い、分筆登記完了後に所有権移転の登記を行います。

登記上「地目」が田又は畑となっている不動産を売買するには、農地法という法律により、その農地を管轄する農業委員会又は知事の許可が必要とされています。地目が田又は畑の土地について、売買による所有権移転登記を行う際は、この「農地法の許可書」を登記申請書に添付して法務局に提出する必要があります。

日本国内の不動産について、外国人又は外国法人が売主や買主となって所有権移転登記をする場合には、当該外国人や外国法人代表者の国籍地の官公署が発行する証明書が必要となります。
具体的には、所有権転登記の際に提出する印鑑証明書や住民票に代え、サイン（署名）証明書等の書類が必要となります。
また、外国人又は外国法人が不動産を購入した場合は、日本銀行を通じて、外国為替および外国貿易法（外為法）による事後報告書の提出が必要となる場合があります。

不動産を贈与した場合は、所有権移転登記にかかる「登録免許税」、不動産取得に伴う「不動産取得税」、不動産取得日以降の「固定資産税」の負担が、贈与税以外にもかかります。

建物を新築したときは、1ヶ月以内に表示登記をしなければなりません。また、新たに部屋を増築した場合や、あるいは物置や車庫を建てたような場合でも、新築の登記をしたときと同じように1ヵ月以内に表示変更の登記が義務付けられています。建物の場合は、土地に比べて変更することが多く、今まで居宅として使っていたものを改造して店舗にするとか、または一部を取壊して、屋根をトタン屋根から瓦に葺きかえたりした場合でも表示変更の登記が必要になります。
次に建物を増築した際の注意点として、例えば父親名義の建物に子が増築資金を出し、リフォーム増築した場合には、持分割合などの権利関係をどうすべきかが問題になります。
親名義のまま放置しておくと、増築部分は子から父親に贈与されたものとされ、贈与税が課せられます。贈与税の課税をされないためには父親から子への持分移転登記をし、権利関係を親と子の共有にすべきでしょう。このように実体に合った登記をすることが大切です。

建物を取り壊した場合、取壊しの日から1ヶ月以内に建物滅失登記を申請する必要があります。これを登記しない場合、建物が存在しないにもかかわらず、土地の登記簿上に建物が存在することとなり、売却や銀行融資を受けることができません。担保権設定の手続きの際に支障をきたすこともあります。

自己の居住の用に供する家屋について、以下の要件を満たしていれば市区町村長の証明による住宅用家屋証明書が取得できます。この証明書を登記申請時に添付することで登録免許税の税率が軽減されます。

1.住宅用家屋の所有権保存登記の軽減 個人が平成27年3月31日までの間に新築又は取得した、自己が居住するための床面積50平方メートル以上の新築または未使用家屋であり、新築又は取得後1年以内に保存登記をすること。

2.住宅用家屋の所有権移転登記の軽減 個人が平成27年3月31日までの間に取得(売買または競売に限る)した、自己が居住するための床面積50平方メートル以上の新築後25年以内（木造等非耐火の場合は20年以内）又は一定の耐震基準に適合する住宅用家屋で、取得後1年以内に移転登記をすること。

3.住宅用家屋の抵当権設定登記の軽減 上記1、2の条件を備えている場合、当該住居取得のための住宅ローンの債権を担保するために一定の者が受けるこれらの住宅用家屋を目的とする抵当権の設定登記で、新築又は取得後1年以内に設定登記をすること。

定期借地権のひとつに、一般定期借地権があります。契約期間を50年以上とし、契約の更新をしないことを公正証書等の書面で約束して土地を賃貸する契約です。この契約を締結することにより、地主、借主双方にメリットがあります。
地主のメリットとしては、従来の賃貸借契約では一旦土地を貸してしまうと借主がなかなか立ち退いてくれないケースが多く、立ち退いてもらうには多大な立退料を要するような場合が多くありました。そこを定期借地契約にすることで、契約で定めた50年以上の期間が経過すると、確実に土地を返してもらえる点がメリットです。
借主側のメリットとしては、土地を購入して家を建てるよりも土地を賃貸することにより安い値段で建物を購入できる点にあります。家を購入して、50年以上の期間使用し、土地のみを返せばよいのです。
この定期借地権も地主と借地人の協力により登記をすることができ、登記をすることにより借地権を第三者に対抗することができるとともに、相続や売買により貸主、借主に変更があった場合でも、新たな貸主、借主は借地権の内容を登記簿により確認できるので無用な争いを避けることができます。
定期借地権には、一般定期借地権の他にも事業用定期借地権や、建物譲渡特約付借地権があり、これらもそれぞれ登記することができます。

建物の賃貸借においても定期借家契約があります。定期借家契約とは契約で定めた期間の満了により、契約は更新されることなく借家契約が終了する契約です。
従来型の借家契約では、正当な事由がない限り家主から契約更新を拒否することはできず、一旦家を貸してしまうと、期間が満了しても契約更新により、なかなか立ち退いてもらえませんでした。定期借家契約は、公正証書等で契約書を作成し、定期借家である旨を契約時にきちんと書面にて借主に説明することにより、期間満了時に更新がなく契約が終了します。
なお、この定期借家権も借家人と建物所有者の協力があれば登記することができます。